Era el año 1986 y equipos alemanes, ingleses, italianos y españoles acaparaban casi en exclusiva los trofeos del viejo continente. Fue entonces cuando se sumaron la iniciativa del alcalde de Marsella Gaston Defferre y la visión del empresario Bernard Tapie , que ya había triunfado con el equipo ciclista Reanult, con el que ganó seis Tours de Francia en siete años de existencia. El proyecto tenía una misión, que el Olympique de Marsella lograra lo que no había logrado ningún club francés, ganar la Copa de Europa . Desde 1986, año tras año, el equipo va cambiando y mejorando. El proyecto comenzó con Alain Giresse como fichaje estrella, procedente del Girondins de Burdeos y con el fichaje de un joven delantero que haría historia, Jean-Pierre Papin.
Pero los éxitos no llegarían hasta la temporada 1988 – 1989. Por entonces, el Olympique de Marsella contaba con una espectacular delantera formada por Jean-Pierre Papin y Klaus Allofs. El experimentado delantero alemán realizó grandes actuaciones y el ariete francés marcó 23 tantos. El equipo consiguió el doblete en lo que fue el comienzo de la era del Olympique en el fútbol francés. A finales de los 80 y principios de los 90, el equipo marsellés era intratable en Francia. Bajo la presidencia de Bernard Tapie, por el Velodrome pasaron jugadores como Jean-Pierre Papin, Chris Waddle, Klaus Allofs, Enzo Francescoli, Abedi Pelé, Didier Deschamps, Basile Boli, Marcel Desailly, Jocelyn Angloma, Allen Boksic, Rudi Völler, Fabien Barthez, Eric Cantona o el español Rafel Martín Vázquez, entrenadores como Franz Beckenbauer y aficionados como Zinedine Zidane . En Europa, el club llegó a las semifinales de la Recopa de Europa en 1988 contra el Ajax Amsterdam de Dennis Bergkamp, a las semifinales de la Copa de Europa en 1990 frente al Benfica, a la final de la Copa de Europa de 1991 frente al Estrella Roja y consiguiendo por fin la primera Copa de Europa para el fútbol francés. El 26 de mayo de 1993, el Olympique de Marsella derrotó por un gol a cero al Milan de Frank Rijkaard, Marco Van Basten y Ruud Gullit, con gol de cabeza Basile Boli . El once marsellés era el formado por Barthez en portería, Angloma, Boli, Desailly y Di Meco en defensa, Sauzée, Deschamps, Eydelie en el centro del campo, Abedí Pele de mediapunta y Völler y Boksic actuando como delanteros. Esta es la primera victoria de un club francés en la Copa de Europa, que creó un nuevo lema para los aficionados de Marsella: «À jamais les premiers» , «Los Primeros para Siempre».
Esta época se detiene abruptamente días después de hacerse con el título europeo. Salió a la luz un escándalo de corrupción conocido como el L’affaire VA-OM que envolvía al presidente del club, Bernard Tapie y demás directivos por amaño de partidos. El equipo marsellés fue castigado con el descenso administrativo a Segunda División y fue despojado de la última Liga que consiguió. Sería el final de uno de los mejores equipos de Europa durante los años 90. Pero no fue en vano, este equipo fue desde luego la antesala de la exitosa selección francesa que ganó el Mundial de 1998 y la Eurocopa de 2000.
