
En el comienzo de la temporada 2012-2013, Kovacic sufrió una lesión en el hueso metatarsiano, la cual dio lugar a su desaparición de varios partidos de clasificación para el segundo año consecutivo de Dinamo en la Liga de Campeones. Una lesión tan grave a una edad tan temprana podría haber sido un gran golpe para el jugador, pero Kovačić volvió justo a tiempo para jugar el primer partido de Champions League del club ante el Oporto. El croata jugó los seis partidos de la fase de grupos del Dinamo Zagreb, ante el Oporto , París Saint- Germain, y Dynamo Kyiv. Kovacic impresionó continuamente mientras se visualiza la madurez y la comprensión más allá de sus años. En octubre de 2012 fue nominado para el «Golden Boy». El premio finalmente fue a Isco, que jugaba para el Málaga. En enero de 2013 fue traspasado al Inter de Milan y el croata nacido en Austria viste la camiseta con el número 10, vacante tras la salida de Wesley Sneijder. Esta temporada 2013 – 2014, Kovačić ha jugado 31 partidos de liga para el club de la Serie A y se ha convertido claramente en una parte importante y esencial del club italiano.
Kovačić ha representado a Croacia en las categorías inferiores y jugó su primer partido con la selección absoluta contra el eterno rival, Serbia en marzo de 2013. Jugó el partido como un volante de contención. Mateo completó un excelente debut y su compañero de equipo Nico Kranjčar lo llamó » un profesor de fútbol». Esto dio lugar a que los aficionados nerazzurri le llamen ‘Il Professore ‘.
